年1月28日，美国佛罗里达大学的研究者在ScientificReports上在线发表了题为“AncientDNAandhighresolutionchronometryrevealalong-termhumanroleinthehistoricaldiversityandbiogeographyoftheBahamianhutia”的文章，该文影响因子达4.。
文章以巴哈马群岛上唯一的陆地哺乳动物hutiaGeocapromysingrahami为研究对象，碳同位素年代测定和古DNA测序分析结果都支持人们曾将hutias在巴哈马群岛上运输的假说，这说明人类活动曾经影响了hutias的历史多样性和生物地理分布。
巴哈马群岛（TheBahamas+TheTurksCaicosIslands）位于佛罗里达州附近向东南延伸至古巴东部和伊斯帕尼奥拉（现代海地和多米尼加共和国；图1）。
图1.巴哈马群岛
然而，随着时间的推移，人类活动如何影响巴哈马群岛上hutias的遗传多样性和生物地理分布，目前仍然存在研究空白。在本文中，研究者结合了古生物学（化石记录、计时数据）、考古学（文化背景）和系统发育学（古DNA）来解释巴哈马群岛hutias变化的历史多样性。
接下来，请大家随小编一起了解一下，Swift甲基化建库试剂是如何助力此项研究的吧~
01
aDNA的提取
研究者从五个巴哈马沿岸地区选择了八种化石和一个考古标本用于古DNA提取和分析，样本来自TheGreatBahamaBank,LittleBahamaBank,TheCrooked-Acklins三个不同地区，每个地区成功提取得到两个样本的aDNA。
02
aDNA的建库及富集实验
每个地区的两个样本，一个样本用鸟枪法进行全基因组测序分析，另一个样本用Swift甲基化建库试剂盒ACCEL-NGSMETHYL-SEQDNALIBRARYKIT进行建库，但并没有做重亚硫酸盐转化的步骤。由于古DNA受损伤，胞嘧啶会脱氨形成尿嘧啶，而Swift这款甲基化建库试剂盒里含有尿嘧啶耐受的聚合酶，特别适合用于古DNA样品。建库后进行线粒体基因序列富集并进行测序分析。
03
测序数据质量和覆盖度
富集线粒体数据的样本，与鸟枪法测序的样本相比，无论目标样本的年龄多大，前者的目标reads数都比后者多两个数量级（表1）。来自Abaco（?年；UF）的富集样品获得了最高的总reads为,，最小reads深度为，最大reads读取深度值为13,。来自Eleuthera（约年；UF）的shotgun测序样品回收的靶标reads最少为2,，最大reads读取深度值为27。
表1Geocapromysingrahami的古DNA样本数据
研究人员从Eleuthera（?5,岁；UF）提取了一个更老的样本，得到了,个目标reads，表明富集成功与样品年龄没有明显关系。
从表1我们可以看出，使用SWIFTACCEL-NGSMETHYL-SEQDNALIBRARYKIT建库+探针杂交捕获，获得的reads数、最低read测序深度、最高read测序深度三个指标均高于鸟枪法建库测序的结果。
关于文章中用到的这款SWIFTACCEL-NGSMETHYL-SEQDNALIBRARYKIT甲基化建库试剂盒，应用方向和产品优势如下：
应用方向
1全基因组甲基化测序（WGBS）
2简化甲基化测序（RRBS）
3杂交捕获的靶向测序
4通过ChIP或其它方法富集得到的重亚硫酸盐转化的DNA
产品优势
已在gDNA、cfDNA、FFPE和古DNA样本中得到过验证
使用同样的样品起始量，需要扩增循环数更低
建库起始量的要求低至pg
Swift先对DNA进行重亚硫酸盐处理再建库，对比其它先建库再重亚硫酸盐处理的方法，可保持原始DNA分子的多样性和降低DNA的投入量
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